Η μονή στα χρόνια της επανάστασης
Η Πυρπόληση και Καταστροφή της Μονής από τους Τούρκους
Η ίδρυση της Μονής του Αγίου Πνεύματος, σύμφωνα με τα υπάρχοντα στοιχεία αναγάγεται στα χρόνια της ενετοκρατίας στην Κρήτη. Ήταν από τα μοναστήρια που’ διατηρήθηκαν, όπως είδαμε, μετά από την κατάληψη της Κρήτης από τους Τούρκους. Ομως η επί αιώνες προσφορά του στον Ελληνισμό και την Ορθοδοξία ανακοπή κε βίαια «αρχομένου του 1821», με τη σφαγή «απαξαπάντων των μοναχών» και πυρπόληση των κτισμάτων της Μονής, μήτε του I. Ναού εξαιρουμένου. Με αυτές ακριβώς τις φράσεις αναφέρονται για το τέλος της Ενοριακής Μονής του Αγίου Πνεύματος και τη λειτουργία της και ο Επίσκοπος Ευμένιος Ξηρουδάκης και ο Γυμνασιάρχης Μιχαήλ. Γ. Πρεβελάκης.
Ο Μιχάλης Μ. Παπαδάκης προσδιορίζει συγκεκριμένα την 15η Ιουνίου 1821, ως ημέρα ολοκαύτωσης της Μονής από τον αιμοσταγή Ντελή Μουσταφά και τους συνακόλουθους του Αμπαδιώτες Τούρκους. Η επέλαση του Ντελή Μουσταφά, από τα ανατολικά της Επαρχίας Αγίου Βασιλείου, ανακόπηκε, στη θέση Καψάλες Σπηλίου, από το Πρεβελιώτικο Σώμα, υπό τον Μελχισεδέκ Τσουδερό και τους αδελφούς του Γεώργιο και Ιωάννη, στις 15 Ιουνίου 1821.
Η καταστροφή υπήρξε ολοκληρωτική. Το μοναστήρι έγινε «άμορφος σωρός ερειπίων», χωρίς ζωή, χωρίς δράση. Δεν έμεινε τίποτα που να θυμίζει το παλιό όμορφο συγκρότημα. Το μόνο που διασώθηκε ήταν ο δίκλιτος Ναός, πλην του μεταγενέστερου Νάρθηκα, κι αυτός με έντονα τραύματα στ’ άψυχα ντουβάρια του. Τα τραύματα αυτά αποκαλύφθηκαν από το συνεργείο της Εφορείας Βυζαντινών Αρχαιοτήτων Κρήτης αρχές του 1997, όταν αφαίρεσαν τα εσωτερικά επιχρίσματα και φάνηκαν οι τεράστιες ρωγμές, η αλλοίωση των δομικών υλικών από την υπερθέρμανση και η μαυρίλα από την πυρπόληση, καθώς και οι κακόγουστες μεταγενέστερες παρεμβάσεις.
Η ΚΡΗΤΙΚΗ ΕΠΑΝΑΣΤΑΣΗ (1866-69)
Η Κρητική Επανάσταση 1866-69 διέκοψε, όπως ήταν φυσικό, τη λειτουργία των Σχολείων, μια και το διάστημα αυτό η Κρήτη είχε πάρει τα όπλα κατά των Τούρκων, επιζητώντας την αποτίναξη του ζυγού και την ένωση της με τη μητέρα Ελλάδα.
Στο Άγιο Πνεύμα βρισκόταν κατά το διάστημα αυτό ο Μοναχός Νεόφυτος ή Μαυροπατέρας προερχόμενος από τη Μονή Αρσανίου, ως επιστάτης και διαχειριστής της περιουσίας και φυσικά ως λειτουργός. Ο Νεόφυτος έμενε τουλάχιστον από το 1846 στο Άγιο Πνεύμα.

Κατά την τρίχρονη Κρητική Επανάσταση η ευρύτερη περιοχή του Αγίου Πνεύματος έγινε πεδίο δύο σημαντικών μαχών. Πρώτη σε χρονολογική σειρά η μάχη του Τράχηλα, το Φεβρουάριο του 1867 και δεύτερη, στις 8 Δεκεμβρίου 1868.
Η Μάχη Τραχηλα – Αγίου Πνεύματος 8 Δεκεμβρίου 1868
Η Επανάσταση του 1866-69 έσβηνε μέρα με τη μέρα. Η Κρήτη αποκλεισμένη από τον τουρκικό στόλο, με το λαό αποκαμωμένο από τις κακουχίες του πολέμου και την ευρωπαϊκή διπλωματία να επιμένει στην ακεραιότητα της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, δεν είχε πολλά περιθώρια να δει τ’ όνειρο της να πραγματοποιείται.
Το 1868 η κυβέρνηση Βούλγαρη, πιεζόμενη από τις εξελίξεις αποφάσισε στα τέλη του Νοεμβρίου να στείλει ισχυρό εθελοντικό σώμα υπό τον συνταγματάρχη Δημήτριο Πετροπουλάκη, για να αναζωπυρώσει τον αγώνα. Ο Πετροπουλάκης πήρε μερικούς από την Αθήνα και πήγε να στρατολογήσει και στην ιδιαίτερη του πατρίδα τη Μάνη. Τους έκανε περίπου χίλιους. Μεταξύ αυτών ο αδελφός του Αναστάσιος, ο γιός του Λεωνίδας και οι εγγονοί του Γεώργιος και Σπυρίδων, δηλαδή τρεις γενιές Πετροπουλάκηδες, κι ένα απόσπασμα υπό τον αξιωματικό Μ. Μπαλάφα. Μπάρκαραν από το Γύθειο στο πλοίο «ΕΝΩΣΗ» του ηρωικού Σουρμελή στις 25 Νοεμβρίου και κάτω από άσχημες καιρικές συνθήκες και άγρια καταδίωξη από τουρκικά πλοία αποβιβάζονται ο μεν Λεωνίδας στο Μυλοπόταμο, ο δε Δημήτριος στο Πρασσονήσι Σακτουρίων.Τα δύο σώματα συναντήθηκαν στο Αμάρι, αλλά ξαναγύρισαν στον Άγιο Βασίλειο.

Στις 8 Δεκεμβρίου τραβώντας για τις θέσεις Τράχηλας-Κισσός και Κεντροχώρι, βρέθηκαν μπροστά σε τούρκικο ασκέρι κι αναγκάστηκαν να παραταχθούν για μάχη, μέσα σε μια νεροποντή που δεν τους άφηνε να δουν δυο οργιές απόσταση. Κοντά τους πολέμησαν κάμποσοι Κρητικοί και παλιοί εθελοντές υπό τους Μήστα, Ζήκο, Κιτσομή και Ξανθουδάκη. Από γύρω – γύρω τους είχαν μπλοκάρει τέσσερις πασάδες και η μάχη κράτησε κάπου τρεις ώρες. Οι επαναστάτες λυγίσανε με μεγάλες απώλειες.Εκτός από τους αιχμαλώτους και τους σκοτωμένους, που έφταξαν τους διακόσιους, ο Ακουμιανός ποταμός έπνιξε καμιά δωδεκαριά εθελοντές, που προσπάθησαν να τον περάσουν.
Η απρόσμενη αυτή μάχη ήτανε, μετά από την ολοκαυτωση τ’ Αρκαδίου, η πιο πολύνεκρη θυσία κατά τη διάρκεια του 1866-69. Ήταν η μάχη που έκλεισε οριστικά τον αγώνα.
Η Μοναστηριακή Επιτροπή φρόντισε να κατασκευαστεί ένα καλαίσθητο μνημείο δίπλα από το Μοναστηριακό χώρο στο Άγιο Πνεύμα. Στη βάση του μνημείου σε ειδική μαρμάρινη πλάκα γράφτηκε:
«Στους διακόσιους Λάκωνες, Κρήτες και Ρουμελιώτες αγωνιστές που μαχόμενοι για την ελευθερία της Κρήτης υπό τον Δημήτριο Πετροπουλάκη έπεσαν εδώ την 8η Δεκεμβρίου 1868 το μνημείο τούτο με ευγνωμοσύνη αφιερώνουμε.
Η Μοναστηριακή Επιτροπή 5 Δεκεμβρίου 2004″
Με μία σεμνή τελετή, κατά την οποία έγινε Αρχιερατικό τρισάγιο στη μνήμη των πεσόντων, με τη συμμετοχή των αρχών του νομού, απογόνων της οικογένειας Πετροπουλάκη από το Γύθειο και τιμητικού στρατιωτικού αγήματος έγιναν τα αποκαλυπτήρια του μνημείου στις 5 Δεκεμβρίου 2004.
Η μικρή φορητή εικόνα της Αγίας Τριάδος είναι από τα κειμήλια της Μονής, μια και έχει τρεις επικαθήμενες αγιογραφήσεις σε διαφορετικές χρονικές περιόδους. Στην εξωτερική αναφέρεται η χρονολογία 1892. Η κάτω από αυτήν αναφέρει το όνομα του Νεόφυτου και τη χρονολογία 1846 «Δέησις μοναχού Νεοφύτου… (1)846». Παραμένει όμως άγνωστο πότε και από ποιον έγινε η αρχική αγιογράφηση.
δ. ΕΛΛΗΝΙΚΗ ΣΧΟΛΗ ΑΠΟΥ ΒΑΣΙΛΕΙΟΥ
Με το τέλος της Επανάστασης το 1869 τα εκπαιδευτήρια στην Επαρχία Αγίου Βασιλείου αυξήθηκαν. Η Επαρχιακή Σχολή Αγίου Πνεύματος προήχθη το 1870 σε Ελληνική Σχολή Αγίου Βασιλείου και του Μοναστηρακίου σε Ελληνική Σχολή Αμαρίου. Ίσχυε τότε το σύστημα να έχει τέσσερις τάξεις το Δημοτικό Σχολείο, τρεις το Ελληνικό και τέσσερις το Γυμνάσιο.
«…Εις τας Σχολάς ταύτας, καίπερ ατελέστατα κατηρτιμένας, όμως μέχρι το 1878 εμορφούντο πολίται ζηλωταίτων Πατρίων, χρηστοί και ενάρετοι, χρήσιμοι εις τον εαυτόν οίκον και εις την Μητρίδα…»

Κατά το διάστημα 1881-1889 η Επαρχία Αγίου Βασιλείου απέκτησε περί τα είκοσι Δημοτικά Σχολεία και πέντε Ελληνικά, εκ των οποίων τα δύο πλήρη με τρείς τάξεις έκαστον, του Αγίου Πνεύματος και της Μύρθιου και τα υπόλοιπα τρία των Μελάμπων, του Σπηλίου και της Κοξαρέ με μία τάξη το καθένα.